1958年冬筹建亳县博物馆,1959年10月1日亳县博物馆正式对外开放。

1960年博物馆被撤。

1963年春在山陕会馆复建亳县博物馆,并确定为地方综合性博物馆,并长期举办曹操家族墓出土文物展览和地方史陈列。

1965年博物馆二次被撤。

1973年3月,再次成立亳县博物馆,亳州1986年升县为市,1995年被省政府命名为爱国主义教育基地。

2003年经安徽省编委同意恢复亳州市博物馆,正科级单位,编制24人。2009年5月20日,亳州市博物馆被评为第一批国家三级馆。

为改善馆藏条件,2009年,亳州市委、市政府总投入两千多万,把原三国揽胜宫景区改建为亳州市博物馆新馆,于2009年6月18日建成并对外开放。